2.我国高等教育区域间发展不平衡
我国幅员辽阔，各区域之间的发展极不平衡，同时由于宏观调控不够，高等教育也呈现出区域间发展不平衡，特别是高等教育东西部差距过大的问题。就高等学校数量而言，存在东部地区高校密集，尤其是教育部直属重点大学集聚度高，中西部地区和边远地区高校数量不足等现象。由于我国高等教育投入与分配机制是以重点学科、重点实验室、院士、教授等数量的多少而设计的，这也就意味着重点院校所获教育经费更多。因此，就高等教育经费的分配而言，东部地区所获得的教育经费也远高于中西部地区。
3.省级高等教育统筹协调权力过小
我国的高等教育管理体制是以“在国务院领导下，分级管理、地方为主、政府统筹、社会参与”为原则的。在我国，中央政府对全国的高等教育有着全局性的管辖权力，包括立法权、规划权、统筹权、监督权等，而高等教育统筹协调的基本单位则主要是“省”（直辖市、自治区）。近年来，中央政府采取了一系列措施加大省级政府对高等教育统筹协调权力，例如，从2000年1月开始，国务院授权省、自治区、直辖市人民政府审批设立高等职业学校，并在教育部备案；2005年9月起，国务院又进一步将高等职业学院及专科学校设置的审批权、高等学校专科教育招生计划权授予省级政府等。但由于政治体制、文化惯性、不完善的法律系统以及长期形成的高等教育管理体制模式等各种原因，省级政府对于高等教育的统筹协调权，如立法权、规划权、资源配置权、行政督导权、机构处置权等并未得到充分落实。因此，中央政府有必要进一步下放教育管理权限、完善相关配套措施，增大省级政府对高等教育的统筹协调权限。